En histología se emplea en los pasos iniciales como DIsolvente de la parafina en los cortes (desparafinización) y en los últimos pasos de preparado de muestras (tinción y montaje) como líquido intermediario o «aclarante», esto debido a que las proteínas fijadas y deshidratadas tienen igual índice de refracción que el xileno, por ello las muestras aparecen transparentes o «aclaradas». También permite el uso de medios de montaje hidrófobos (resinas sintéticas) para la preservación de la muestra teñida.